Carta de recomendação pode ser de professores da época de graduação?

Sim, deve - em especial se a instituição pedir uma referência acadêmica. Mas se você já se formou há algum tempo e já tem outras formações no currículo (ex. se seu diploma de pós-graduação é o mais recente), o melhor seria pedir a recomendação de um professor ou orientador que acompanhou você nos últimos anos. Se a instituição pede duas (ou mais) cartas, é necessário avaliar de acordo com o seu perfil e os objetivos do programa se uma carta de cunho profissional é mais apropriada.